Der Baum ist ein ausgeprägter Individualist; er verträgt keine Konkurrenten, die sich ihm in die Sonne stellen. Aus diesem Grunde scheint er besonders für Agroforstwirtschaft geeignet.
Seine Konkurrenzschwäche und die heutige Bewirtschaftungsweise haben den Wachholder nahezu zum Aussterben gebracht. Ein künstliches Offenhalten der Landschaft vernichtet auch die aufkommende Naturverjüngung. Der einzige Weg auf Wachholderheiden eine Bestandsverjüngung zu erzielen, ist die Beweidung mit Heidschnucken oder anderen Schafen. Diese meiden die stiekeligen Wacholdersämlinge, sodass eine Naturverjüngung gewährleistet ist.
Wachholder stellt äußerst geringe Ansprüche an den Boden; weil er aber nur selten einen geeigneten Lebensraum findet, steht der Baum mit Recht in Deutschland unter Naturschutz. Mit seinen geringen Bodenansprüchen eignet er sich auf besondere Weise für sandige Böden.
Das Holz des Wacholders ist relativ dicht, aber eher weich; dafür besitzt es jedoch eine widerspenstige Zähigkeit, weshalb es schwierig zu verarbeiten ist.
Es enthält kein Harz, aber einen aromatischer Duft, der an Kampfer erinnert. Die Zähigkeit macht es ideal für Peitschenstiele und Fassreifen. Aus den Maserknollen des Wurzelholzes werden Pfeifenköpfe arbeiten. Aufgrund der enormen Zähigkeit und Widerstandsfähigkeit des Holzes wird es seit alters her für Nagelverbindungen im Schiffsbau verwendet.
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